Index

_

__call__() (eryn.utils.AdjustStretchProposalScale method) (eryn.utils.SearchConvergeStopping method) (eryn.utils.Stopping class method) (eryn.utils.Update class method)

A

a (eryn.moves.StretchMove attribute) acceptance_fraction (eryn.ensemble.EnsembleSampler property) (eryn.moves.CombineMove property) (eryn.moves.DistributionGenerate property) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ property) (eryn.moves.GaussianMove property) (eryn.moves.GroupMove property) (eryn.moves.GroupStretchMove property) (eryn.moves.MHMove property) (eryn.moves.Move property) (eryn.moves.MTDistGenMove property) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ property) (eryn.moves.RedBlueMove property) (eryn.moves.ReversibleJumpMove property) (eryn.moves.StretchMove property) acceptance_fraction_separate (eryn.moves.CombineMove property) accepted (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) (eryn.moves.CombineMove property) (eryn.moves.DistributionGenerate property) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ property) (eryn.moves.GaussianMove property) (eryn.moves.GroupMove property) (eryn.moves.GroupStretchMove property) (eryn.moves.MHMove property) (eryn.moves.Move property) (eryn.moves.MTDistGenMove property) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ property) (eryn.moves.RedBlueMove property) (eryn.moves.ReversibleJumpMove property) (eryn.moves.StretchMove property)

adjust_factors() (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.StretchMove method) AdjustStretchProposalScale (class in eryn.utils)

B

Backend (class in eryn.backends) betas (eryn.backends.Backend attribute) blobs (eryn.backends.Backend attribute) both_transforms() (eryn.utils.TransformContainer method) Branch (class in eryn.state)

branch_names (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) (eryn.state.State property) branches_coords (eryn.state.State property) branches_inds (eryn.state.State property) branches_supplemental (eryn.state.State property)

C

chain (eryn.backends.Backend attribute) choose_c_vals() (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.StretchMove method) cleanup_proposals_gibbs() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method)

CombineMove (class in eryn.moves) compute_log_like() (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) compute_log_posterior_basic() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method) compute_log_posterior_tempered() (eryn.moves.tempering.TemperatureControl method) compute_log_prior() (eryn.ensemble.EnsembleSampler method)

D

distance() (eryn.utils.PeriodicContainer method) DistributionGenerate (class in eryn.moves)

DistributionGenerateRJ (class in eryn.moves) dtype (eryn.backends.Backend attribute)

E

EnsembleSampler (class in eryn.ensemble) ensure_ordering() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method)

eryn.utils.utility module

F

fill_values() (eryn.utils.TransformContainer method) find_friends() (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) fix_friends() (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) fix_logp_gibbs() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method)

G

GaussianMove (class in eryn.moves) get_a_sample() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) get_acf() (in module eryn.utils.utility) get_autocorr_thin_burn() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) get_autocorr_time() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_betas() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_blobs() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_chain() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_evidence_estimate() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) get_gelman_rubin_convergence_diagnostic() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) get_inds() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_info() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) get_integrated_act() (in module eryn.utils.utility) get_last_sample() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_log_like() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_log_posterior() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) (eryn.state.State method) get_log_prior() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_model() (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_model_change_proposal() (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) get_move_info() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method)

get_mt_log_posterior() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove method) get_mt_proposal() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove method) get_new_points() (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.StretchMove method) get_nleaves() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) get_proposal() (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove class method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove method) (eryn.moves.RedBlueMove class method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method) get_value() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) gibbs_sampling_setup (eryn.moves.Move attribute) gibbs_sampling_setup_iterator() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method) GroupMove (class in eryn.moves) groups_from_inds() (in module eryn.utils.utility) GroupStretchMove (class in eryn.moves) grow() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method)

H

has_blobs() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method)

HDFBackend (class in eryn.backends)

I

inds (eryn.backends.Backend attribute) initiailized (eryn.backends.Backend attribute) initialized (eryn.backends.HDFBackend property)

iteration (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) iters_consecutive (eryn.utils.SearchConvergeStopping attribute)

L

log_like (eryn.backends.Backend attribute) log_prior (eryn.backends.Backend attribute)

log_uniform() (in module eryn.prior) logpdf() (eryn.prior.MappedUniformDistribution method) (eryn.prior.ProbDistContainer method)

M

make_ladder() (in module eryn.moves.tempering) MappedUniformDistribution (class in eryn.prior) MHMove (class in eryn.moves) module eryn.utils.utility Move (class in eryn.moves)

move_info (eryn.backends.Backend attribute) move_keys (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) MTDistGenMove (class in eryn.moves) MTDistGenMoveRJ (class in eryn.moves) MultipleTryMove (class in eryn.moves)

N

nbranches (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) ndim (eryn.prior.ProbDistContainer attribute) ndims (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) nleaves (eryn.state.Branch property) nleaves_max (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property)

Note (eryn.moves.Move attribute) ntemps (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) num_proposals (eryn.moves.Move attribute) nwalkers (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property)

O

open() (eryn.backends.HDFBackend method)

P

past_like_best (eryn.utils.SearchConvergeStopping attribute) periodic (eryn.moves.CombineMove property) PeriodicContainer (class in eryn.utils) ppf() (eryn.prior.ProbDistContainer method) priors (eryn.ensemble.EnsembleSampler property) (eryn.prior.ProbDistContainer attribute) priors_in (eryn.prior.ProbDistContainer attribute) ProbDistContainer (class in eryn.prior) propose() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method)

psrf() (in module eryn.utils.utility)

R

random_state (eryn.backends.HDFBackend property) (eryn.ensemble.EnsembleSampler property) readout_adjustment() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove method) RedBlueMove (class in eryn.moves) reset() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) reset_args (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) reset_base() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method)

reset_kwargs (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) return_gpu (eryn.moves.StretchMove attribute) ReversibleJumpMove (class in eryn.moves) rj (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) rj_acceptance_fraction (eryn.ensemble.EnsembleSampler property) rj_accepted (eryn.backends.Backend attribute) (eryn.backends.HDFBackend property) run_mcmc() (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) rvs() (eryn.prior.MappedUniformDistribution method) (eryn.prior.ProbDistContainer method)

S

sample() (eryn.ensemble.EnsembleSampler method) save_step() (eryn.backends.Backend method) (eryn.backends.HDFBackend method) SearchConvergeStopping (class in eryn.utils) set_coords_and_inds() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) setup() (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method) setup_friends() (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) setup_proposals() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method)

shape (eryn.backends.Backend property) (eryn.backends.HDFBackend property) special_generate_func() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove class method) special_generate_logpdf() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove class method) special_like_func() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove class method) special_prior_func() (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.MultipleTryMove class method) State (class in eryn.state) stepping_stone_log_evidence() (in module eryn.utils.utility) Stopping (class in eryn.utils) store_missing_leaves (eryn.backends.Backend attribute) StretchMove (class in eryn.moves) swap_acceptance_fraction (eryn.ensemble.EnsembleSampler property) swaps_accepted (eryn.backends.HDFBackend property)

T

temper_comps() (eryn.moves.tempering.TemperatureControl method) temperature_control (eryn.moves.CombineMove property) (eryn.moves.DistributionGenerate property) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ property) (eryn.moves.GaussianMove property) (eryn.moves.GroupMove property) (eryn.moves.GroupStretchMove property) (eryn.moves.MHMove property) (eryn.moves.Move property) (eryn.moves.MTDistGenMove property) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ property) (eryn.moves.RedBlueMove property) (eryn.moves.ReversibleJumpMove property) (eryn.moves.StretchMove property) temperature_swaps() (eryn.moves.tempering.TemperatureControl method) TemperatureControl (class in eryn.moves.tempering)

tempered_likelihood() (eryn.moves.tempering.TemperatureControl method) thermodynamic_integration_log_evidence() (in module eryn.utils.utility) transform_base_parameters() (eryn.utils.TransformContainer method) TransformContainer (class in eryn.utils) tune() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method)

U

uniform_dist() (in module eryn.prior) Update (class in eryn.utils) update() (eryn.moves.CombineMove method) (eryn.moves.DistributionGenerate method) (eryn.moves.DistributionGenerateRJ method) (eryn.moves.GaussianMove method) (eryn.moves.GroupMove method) (eryn.moves.GroupStretchMove method) (eryn.moves.MHMove method) (eryn.moves.Move method) (eryn.moves.MTDistGenMove method) (eryn.moves.MTDistGenMoveRJ method) (eryn.moves.RedBlueMove method) (eryn.moves.ReversibleJumpMove method) (eryn.moves.StretchMove method)

use_cupy (eryn.prior.ProbDistContainer attribute) use_gpu (eryn.moves.Move attribute)

W

wrap() (eryn.utils.PeriodicContainer method)

X

xp (eryn.moves.Move attribute)